- Les stalles
Le chœur liturgique de l’église est revêtu de stalles de bois où se tenaient les offices chantés. C’est un magnifique travail de menuiserie et d’ébénisterie, en noyer et buis avec un bâti en châtaigner.
Les stalles se composent de 26 places. 10 au rang inférieur et 16 au rang supérieur.
Véritables chefs-d’œuvre d’ébénistes locaux (Giovannesino et Francesco Giovanni), ces stalles ont été conçues en 1713. Elles ont ensuite été restaurées par les Monuments de France entre 2007 et 2009.
Elles forment un ensemble avec la porte donnant à l’arrière du chœur, un meuble destiné au lutrin (aujourd’hui disparu) et la chaire, supportée par une puissante colonne torsadée, située dans les vaisseaux de l’édifice.
- L’orgue
L’orgue est situé dans le chœur. Le buffet en bois peint est particulièrement remarquable. Il reprend au sommet un motif symbolique copié sur le très beau tableau conservé dans la sacristie du Couvent : un cartouche aux armes des Franciscains encadré par deux serpents mystiques.
On pense que l’orgue a été conçu en 1750 par le facteur d’orgue milanais Giuseppe Lazari. Il est alors au milieu du XVIIIème siècle le facteur d’orgue le plus productif en Corse. Bien qu’il ne porte pas sa signature, on peut lui attribuer cet orgue par des détails techniques et des documents d’archives.
- Le meuble de la sacristie
Ce meuble très imposant a été réalisé en châtaigner et en noyer. Il est composé de deux corps :
Le corps inférieur qui compte trois rangées de trois tiroirs destinés au rangement des vêtements sacerdotaux et des cierges.
Le corps supérieur qui est divisé horizontalement en trois parties dans lesquelles étaient entreposés les objets liturgiques. Cette partie est coiffée d’une remarquable frise, ornée de motifs floraux de pampres et de serpents. Le tout est couronné d’une corniche ornée d’un bas-relief aux armes des Franciscains.
Ce meuble sculpté en 1665 par le maitre Paulo Bonagiunta de Corte a été conçu expressément pour ce lieu. C’est une œuvre majeure du mobilier ecclésiastique Corse qui, pour des raisons administratives, ne peut être exposé.